خفّي علاييث، دومين تأليف طبي سيداسماعيل است و كتابي ويژه براي رفع نياز شاه، بزرگان و درباريان در طب بوده است.
فونان اين اثر را براي بررسي طب ايراني آورده است. گرگاني در مقدمه خفّي علايي به مواردي اشاره مي‌كند: نخست آنكه علاءالدوله اتسز خوارزمشاهي را حامي خود در نوشتن كتاب مي‌داند. ديگر آنكه وي طب را به دو بخش علمي و عملي تقسيم مي‌كند. در بخش عملي به حفظ الصحت (= بهداشت و تندرستي) و مقدمه المعرفه (= شناخت احوال بيماران) مي‌پردازد و سوم آنكه زمان آغاز و پايان تأليف كتاب را بيان مي‌كند.
كتاب خفّي علايي از هفت مقاله، و دو بخش تشكيل شده است:
بخش اول (در طب علمي):
 مقاله اول: در تدبير حفظ صحت و در شانزده باب (در تدبير هوا، فصلهاي سال، شهرها و مسكن، جامه پوشيدن، غذا، آب، شراب، خواب و بيداري، حركت و سكون، استفراغ در داروهاي مسهل، استفراغ به داروي قي، فصد و حجامت (= رگ‌زني و خون‌گيري)، انواع استفراغ، اعراض نفساني، احوال پيران و مسافران).
مقاله دوم: (در مقدمه‌المعرفه) و در هفت باب: در تدبير شناخت بيماري، شناخت نفج (= بهبود نسبي پيش از شفاي كامل)، شناخت بحران، شناخت نشانه‌هاي سلامت و اميدواري، شناختن نشانه‌هاي بيماري (= علم العلامات) و وقت مرگ بيماران.
بخش دوم (طب عملي):
مقاله اول درباره دستورهاي لازم پزشكي، مقاله دوم (اشاره به درمان بيماريهاي اندام از سر تا پا و در هجده باب): در تدبير بيماري سر و دِماغ، چشم، گوش، بيني، دهان، زبان و حنجره و حلق، در شناخت زكام و نُزله و سرفه و ذات‌الريه و ضيق النفس، بيماري‌هاي دل و معده، در انواع اسهال، در تدبير انواع قولنج و تولّد كرمها، درباره بيماري‌هاي مقعد، جگر، سپرز، در تدبير انواع يرقان، در انواع استسقاء، درباره بيماري‌هاي گردâ و مثانه، بيماري‌هاي زنان و درد مفاصل و نقرص و داءالفيل.
مقاله سوم: در تبها، حصبه و آبله.
مقاله چهارم: در آماسها و جراحتها،
مقاله پنجم: در علاج شكستگي استخوان، كوفتگي و بيرون آمدن بندها از جاي خود،
مقاله ششم: در تدبير زينت و آراستگي بدن و پاك كردن پوست و
مقاله هفتم: در علاج زهرها.
نويسندۀ كتاب در بيان بيماريها به علل، نشانه ها و درمان آنها مي‌پردازد؛ براي مثال:
«قولنج»: علّت آن: خلط غليظ و باد، علامات آن: درد و گراني و باد، درمان: حقنه يا شياف تيز.
بيان برخي نكته ها درباره اين كتاب لازم است:
1. گرگاني در تدبير هوا اسباب تندرستي و بيماري را شش عامل (= اسباب السّته) مي‌داند: هوا، حركت و سكون، خواب و بيداري، طعام و شراب، استفراغ، احتقان (= بستگي مزاج و ضد استفراغ) و اعراض نفساني.
وي عوامل آلودگي هوا را اينگونه بيان مي‌كند: آميختگي هوا با غبار و دود و بخار و... .
جرجاني انواع هوا را بررسي مي‌كندو اثر بد و خوب هر كدام را بيان مي‌كند از جمله: آثار هواي گرم: لاغري تن و زردي روي، تشنگي‌آور و ضعيف‌كننده قواي بدن؛ هواي رطوبتي: فزوني عفونت‌ها، بيماركنندۀ سرد مزاج‌ها و نرم كنندۀ پوست؛
هواي سرد: سودمند، افسرده‌كننده، كم‌كنندۀ جراحتها و آماسها و افزون‌كنندۀ زكام و نُزله (= نوعي سرماخوردگي).
2. ميراسماعيل در تدبير فصلهاي سال به نكته هايي ظريف توجه مي‌كند از جمله: طعام لطيف خوردن و ورزش صبحگاهي در بهار، نوشيدن آب سرد در تابستان، دوري از گوشت صيد و نمك سود شده در پاييز و ورزش كردن و غذا خوردن بيشتر در زمستان.
3. سيداسماعيل در تدبير شهر و مسكن، موقعيت خانه خوب را اينگونه بيان مي‌كند: بلند، رو به مرق، با فضاي باز به سمت شمال، با سقف بلند، با درهاي فراخ و آفتاب‌گير.
4. جرجاني در تدبير جامه پوشيدن به مواردي اشاره مي‌كند از جمله: مضرات جامه خشن براي پوست، پوشيدن جامه كتاني در تابستان و پوشيدن جامه ها از پوست سمور، روباه و پارچه‌هاي پنبه‌اي.
5. او در معرفت غذا و تدبير آن به مسائلي اشاره مي‌كند: توصيه به خوردن غذاهاي دوايي و دارويي، راه رفتن پس از غذا خوردن و سپس خوابيدن، خوردن غذاي كمتر براي پيران كه كمتر ورزش مي‌كنند و ناهماهنگي برخي طعامها با يكديگر براي مثال: انگبين (= عسل) و خربزه و ماهي تازه، شير، پنير با تخم‌مرغ.
6. جرجاني در تدبير مواردي را در نظر مي‌گيرد از جمله: خالص‌تر بودن باران زمستاني از بارش تابستاني، آب نخوردن بسيار ميان غذا خوردن، زيان داشتن نوشيدن آب هنگام شب، ننوشيدن آب سرد پس از خوردن طعام گرم و روشهاي تصفيه آب از جمله: آميختن آب با خاك پاكيزه و جنباندنش، سپس گوشه‌اي گذاشتن و صاف شدن آب.
7. ميراسماعيل در تدبير شراب، بر حرام بودن ديني آن تأكيد مي‌كند، امّا بنابر وظيفه پزشكي خود فوايد و زيانهاي آن را نيز مي‌نويسد. ازجمله فوايد شراب: افزودن حرارت غريزي بدن و هضم بهتر غذا (البته با مصرف بسيار كم)، زيانهاي آن، ضعيف كردن حرارت غريزي بدن (در صورت مصرف بسيار)، مرگ ناگهاني (= مفاجات) و سكته، فربه شدن و زيان‌بخش بودن براي جگر، سپرز و دماغ.
8. او درباره خواب و بيداري نيز سخنان شنيدني بسياري دارد از جمله: مضرّات بي‌خوابي و شب زنده‌داري، تأثير بد بر قوۀ حافظه، هضم بد غذا. وي روشهايي براي غلبه بر بي‌خوابي شبانه پيشنهاد مي‌كند: به جاي تكيه دادن، باز كردن چشمها و نبستن آنها كتاب خواندن و خاموش كردن چراغ‌ها.
9. او در مورد حركت و سكون نيز به موارد مهمي اشاره مي‌كند از جمله؛ فوايد ورزش، براي حفظ سلامتي بدن و افروختن حرارت غريزي بدن. بهترين هنگام ورزش را هنگامي مي‌داند كه غذا هضم شده است. جرجاني به مالش و نرمش پيش از ورزش (= رياضت) اشاره كرده است.
10. سيداسماعيل در تدبير اعراض نفساني نيز به موارد و مسائل مهمي توجه كرده است. او شادي، غم، خشم، لذّت، ايمني، ترس، خجالت و انديشه را از اعراض نفساني مي‌شمارد و معتقد است كه اين ويژگيها همان لحظه اثر مي‌كنند. وي رابطه اعراض نفساني را با حركتها و واكنشهاي بدن نشان مي‌دهد مانند: شادي با افزايش حرارت غريزي و برافروختگي روي و چهره.
11. او در تدبير پيران از توجه به مواردي اساسي كوتاهي نكرده است از جمله: مضرّات و زيان‌آورها براي پيران، طعام ترش، هواي بد، بخارها، دود و غبار و گرسنگي.
12. وي در باب تدبير مسافران، وضعيت خوب سفر را بيان مي‌كند از جمله: خالي بودن معده از غذا هنگام سواركاري. او توصيه مي‌كند كه سرمازده را مستقيمآ برابر آتش قرار ندهند بلكه آن شخص را با جامه گرم كنند و سپس آرام آرام مقابل آتش بنشانند.
13. ميراسماعيل در وصيتها و سفارش به پزشكان بر روان درماني بسيار تأكيد مي‌كند از جمله: اميدواري دادن به بيمار، شاد كردن وي و حضور دوستان بر بالينش.
شايان ذكر است كه پزشكي امروز بسياري از نكته‌هاي گفته شده را كاملا تأييد مي‌كند. نبوغ جرجاني در بسياري از موارد مشهود است كه تنها به چند نكته مختصر اشاره كرده‌ايم.
از اين اثر، نسخه‌هاي فراواني وجود دارد. علّت فراواني نسخه‌هاي خطي كتاب ياد شده را كم حجم بودن و در دسترس بودن آن مي‌دانند. تنها به چند نسخه معتبرتر اين كتاب اشاره مي‌كنيم: نسخه كتابخانه مجلس شوراي اسلامي (با تاريخ كتابت 837 ق)، نسخه كتابخانه مركزي دانشگاه تهران (با تاريخ كتابت 891 ق در شهر استرآباد)، نسخه كتابخانه مجلس شوراي اسلامي (با تاريخ كتابت 1295 ق) و نسخه چاپي شهر گانپور هندوستان كه مورّخ 1309 ق و به اهتمام منشي «بهكوانديال» منتشر شده است.